17 сентября 2004 г. - Профессор Университета Альберты использовал мощность 4000 компьютеров по всей стране, чтобы сжать 20-летнюю вычислительную работу в 48 часов.
Доктор. Пол Лу, профессор факультета компьютерных наук, возглавил проект Trellis Project - общенациональную инициативу по поддержке проектов медицинских исследований в Университете Калгари и Детской больнице Торонто. В ходе 48-часового проекта, проводившегося с 15 по 17 сентября, был создан виртуальный суперкомпьютер, охватывающий множество различных университетов, с объединенной мощностью для решения проблем, которые в противном случае были бы слишком большими для одной исследовательской группы или учреждения.
В данном случае проект Trellis помог исследовательскому проекту Университета Калгари, возглавляемому доктором Питером Тилеманом. Он и его исследовательская группа пытаются понять, как белок сворачивается сам по себе. Правильная укладка необходима для функции белка. Неправильное складывание может привести к таким заболеваниям, как болезнь Альцгеймера и «коровье бешенство».
Команда Тилемана изучает важный этап в процессе сворачивания, когда части белка формируют окончательную структуру всего белка. Для изучения этого процесса они используют подробные математические модели, описывающие, как взаимодействуют атомы в белке. Компьютерное моделирование отслеживает движения десятков тысяч атомов в соответствии с этими моделями, показывая в «реальном времени», как белок может сворачиваться.
Проект Trellis также помог провести второе исследование в больнице для больных детей Торонто, в котором изучается способ переноса протонов через биологические мембраны. Это явление считается одной из самых важных химических реакций в жизни. Физическую основу этой реакции трудно охарактеризовать - требуется высокий уровень молекулярной детализации, чтобы понять, как возникает транспорт протонов и как он связан с другими реакциями.
Лу сказал, что в обоих случаях исследователи работают над фундаментальными исследовательскими вопросами. Но он и его коллеги многое узнают о таких огромных вычислительных проектах.
Есть другие исследовательские группы по всему миру, которые гораздо более известны, чем мы, которые занимаются такой работой. Мы приняли несколько фундаментальных проектных решений, которые отличаются, и в результате я могу получить всем этим системам по всей стране работать вместе намного проще, чем они могут».
Это преимущество дало Лу возможность добавлять в проект дополнительные кластеры компьютеров в середине потока.
"Был один кластер компьютеров, который буквально перемещали из одного здания в другое, и они связались с нами и сказали: "Хорошо, мы хотим быть частью этого". И примерно через 30 минут реальной работы мы смогли включить этот кластер."
На пике проекта у Лу было более 4000 компьютеров в 19 университетах, трех исследовательских институтах и шести консорциумах высокопроизводительных вычислений, работающих вместе.
Он так же впечатлен этим достижением, как и тем, что он называет «социальной инфраструктурой», собранной для проекта.
"Нашей самой большой поддержкой являются Computing and Network Services здесь, в кампусе, и WestGrid (западно-канадский консорциум грид-вычислений), и мы получили очень мощную поддержку из Квебека и Атлантической Канады."
В одном центре в Атлантическом океане Канады во время проекта произошел сбой питания, поэтому члены команды отключили вспомогательное питание для других операций и установили портативные вентиляторы, чтобы их компьютеры оставались прохладными и работали.
В ноябре 2002 года проект Trellis Project стал важной вехой для Канады, когда за один день были выполнены 3,5 года вычислений по изучению фундаментальных свойств хиральных молекул с использованием первого канадского объединенного в сеть научного суперкомпьютера (CISS) с 1, 376 компьютеров в 16 различных университетах-партнерах. Это уже третий подобный проект, который пилотирует Лу.
Лу говорит, что его цель - сделать такие усилия рутинными. Когда это произойдет?
"Это моя работа, чтобы это произошло, но до этого еще много лет", - сказал он. Лу добавил, что он уверен, что WestGrid «сможет сделать то, что я только что сделал за несколько месяцев», но в меньшем масштабе.
Но прежде чем это произойдет, Лу возьмет заслуженный отдых. Проект Trellis был трудоемким, и Лу выступал в качестве своего рода няни над всеми задействованными вычислительными системами.
«Я даже не хочу думать о том, сколько электронных писем было отправлено туда и обратно за последние несколько дней», - сказал он. «Принимаю ибупрофен для рук».