Что значение Ct говорит о контагиозности
Если тест на корону положительный, инфицированный человек должен быть изолирован. Но как долго? Значение Ct предназначено для определения риска заражения. Но мера годится лишь в ограниченных пределах.
Через два дня после прибытия в Тайбэй женщина почувствовала себя плохо. По словам врачей из больницы Национального Тайваньского университета, у нее была умеренная лихорадка. Кашля и других жалоб у нее не было. Показатели крови и рентген легких - без особенностей. Но поскольку женщина приехала из Ухани, врачи решили сделать ПЦР-тест в качестве меры предосторожности. Результат: Sars-CoV-2 положительный.
В последующие дни симптомы быстро стихли, 9 числаНа 1-й день у нее отсутствовала лихорадка, а с 15-го дня в мазках, выделениях из кашля или жидкости для полоскания рта у женщины более жизнеспособный вирус не обнаруживался. Несмотря на это, ей пришлось оставаться в изоляторе еще много дней, потому что ее ПЦР-тесты оставались положительными до 60-го дня после появления симптомов. Вопрос без ответа, но в конечном итоге решающий для всех инфицированных: был ли пациент с коронавирусом все еще заразен или длительная изоляция была ненужной?
Любой, у кого положительный результат теста на Корону, не обязательно должен быть заразным, то есть заразным. ПЦР проверяет не только жизнеспособные вирусные частицы, но и вирусную РНК. И его можно обнаружить еще долго после того, как вирус перестал размножаться. Поэтому эксперты предлагают использовать определенный параметр ПЦР для оценки заразности инфицированного человека: значение Ct. Но у модерации есть свои подводные камни.
Значение Ct не фиксировано
В типичном ПЦР-тесте на новый коронавирус используется метод, называемый RT-qPCR. Генетический материал вируса из образца, такого как мазок из горла, транслируется в двойную цепь ДНК и размножается в повторяющихся температурных циклах. Количество нитей ДНК удваивается в каждом цикле. Он помечен флуоресцентными сигнальными молекулами, которые идеально соответствуют выбранной последовательности генов, обнаруженных в коронавирусе. Сигнал флуоресценции увеличивается с увеличением количества цепей ДНК. Однако он становится измеримым только после определенного количества температурных циклов. Этот порог является значением Ct.
Как развивается пандемия? Какие варианты настораживают и почему? И насколько эффективны имеющиеся вакцины? Вы можете узнать больше о том, «Как вирус короны меняет мир» на нашей целевой странице. Мы также собрали на одной странице всемирный охват журналов "Scientific American", "Spektrum der Wissenschaft" и других международных изданий.
Значение не является фиксированным. Например, если в образце много вирусов, ПЦР также начнет свои циклы с большим начальным количеством ДНК. Результат: флуоресценция может быть измерена уже через несколько циклов, а значение Ct ниже. С другой стороны, если в образце мало вируса, для генерации сигнала ПЦР требуется больше времени. Таким образом, в принципе, по значению Ct можно определить, насколько высока была вирусная нагрузка в горле, из которого был взят образец. Чем выше значение Ct, тем ниже начальное количество вируса и наоборот. В основном.
"Если мазок сделан плохо, у вас сразу будет более низкая вирусная нагрузка в образце и, следовательно, более высокое значение Ct" (Ортвин Адамс, вирусолог)
«На самом деле идея исходит из определения вирусной нагрузки при хронических заболеваниях, таких как ВИЧ или гепатит С», - говорит профессор Ортвин Адамс из Института вирусологии университетской больницы в Дюссельдорфе. «В отличие от Sars-CoV-2 в качестве материала для проб используется плазма крови.«Концентрация вируса, измеренная в плазме, довольно постоянна. С другой стороны, в мазках из зева она значительно колеблется, в том числе в зависимости от метода взятия образца, - объясняет вирусолог. - Если мазок взят плохо, вы немедленно получаете более низкую вирусную нагрузку в образце и, следовательно, одно более высокое значение Ct», - говорит Адамс.
Высокое значение Ct не обязательно означает, что у пациента низкая вирусная нагрузка в горле. Вероятно, поэтому медицинские лаборатории предостерегают от неправильной интерпретации значений Ct ПЦР Sars-CoV-2. Лаборатория МВЗ в Равенсбурге, например, пишет в информационном бюллетене для врачей, что кроме угасающей или слабой инфекции причиной высоких значений Ct может считаться и «неоптимальный отбор проб». В худшем случае таким образом можно проверить заразных пациентов на отсутствие вирусов.
Вирусная нагрузка лишь в ограниченной степени говорит о риске заражения
Но даже при идеальном отборе проб значение Ct не сразу указывает на конкретное количество инфекционного вируса в горле. Потому что процедура тестирования затрагивает жизнеспособные вирусы, а также патогены, которые больше не могут размножаться. И они появляются не только как остатки после того, как инфекция закончилась.
«Репликация вируса в наших клетках очень неэффективна для многих РНК-вирусов», - говорит Адамс. Например, в случае инфекции полиомиелита лишь небольшая часть вирусных частиц, вырвавшихся из клеток организма, вообще жизнеспособна. Остальное, по сути, мертвая вирусная РНК. Однако это транслируется и размножается таким же образом в RT-qPCR. «Мы всегда измеряем оба типа РНК», - говорит Адамс.
Поэтому трудно определить связь между значением Ct и вирусной нагрузкой, по крайней мере, с помощью мазка из зева. Кроме того, непросто сказать, что человек, у которого в горле есть определенное количество вируса, особенно заразен. Есть и другие факторы: например, анатомические особенности или восприимчивость другого человека. Кроме того, разные устройства ПЦР имеют разную чувствительность. Это затрудняет сравнение результатов, полученных в разных лабораториях.
Невесомая, но не бесполезная
Несмотря на эти подводные камни, значение Ct может помочь в борьбе с пандемией. В последние месяцы некоторым исследовательским группам удалось определить приблизительную связь между значением Ct и контагиозностью материала образцов. Например, группа из Университета Манитобы, Канада, сообщила в мае в журнале Clinical Infectious Diseases, что они больше не могут выращивать вирус в культуре клеток из образца материала со значением Ct более 24. Институт Роберта Коха также пишет в своих «Заметках о тестировании пациентов на инфицирование новым коронавирусом SARS-CoV-2», что исследования предполагают «взаимосвязь между значением Ct в ОТ-ПЦР и способностью культивировать в клеточной культуре». В зависимости от тест-системы из этих данных можно получить «пороговое значение», то есть значение Ct, выше которого маловероятно, что пациент заразен. По данным RKI, возможные пороговые значения находятся в диапазоне от 31 до 34.
«Ваши ценности не на 100 процентов безопасны», - говорит Адамс. Однако, если эксперименты с клеточными культурами показывают, что образцы выше определенного значения Ct практически не содержат жизнеспособных вирусов, то инфицированные люди со значениями выше этого, скорее всего, больше не заразны. Кроме того, очень низкие значения Ct также можно использовать для обнаружения суперраспространителей, которые выделяют в 1000-10 000 раз больше вируса, чем большинство других инфицированных людей. Поэтому каждой лаборатории имеет смысл сообщать о результатах теста и значении Ct в отдел здравоохранения.
«Нет ничего идеального в данный момент, - говорит вирусолог, - но мы должны прагматично использовать все имеющиеся у нас возможности».